В1990 году закончила Рязанский медицинский институт по специальности лечебное дело. Там же прошла интернатуру по хирургии. С 1994 по 1996 год проходила ординатуру по хирургии на кафедре хирургических болезней Казанского государственного медицинского университета. С 1992 года по 2013 год работала хирургом в ожоговом отделении Йошкар-Олинской городской больницы. С 2013 год по настоящее время является ведущим пластическим хирургом в медицинском центре Пластика г. Йошкар-Олы.
Врач высшей категории. Имеет специализации и тематические усовершенствования по хирургии, ожоговой травме, по реконструктивной восстановительной хирургии последствий ожогов, травм и косметических дефектов у взрослых и детей, челюстно-лицевой хирургии, а также по эстетической хирургии. Владеет всеми видами пластических операций при ожоговой травме, включая реконструктивно-восстановительную хирургию последствий ожогов. С 1996 года занимается эстетической хирургией, владеет техникой операций практически по всем разделам эстетической хирургии, имеет опыт видеоассистированных (эндоскопических) операций.
Циклы усовершенствования по реконструктивно-восстановительной, челюстно-лицевой и эстетической хирургии проходила в Санкт-Петербурге, Ярославле и Москве. Является ежегодным участником российских  (Москва, Санкт-Петербург, Екатеринбург, Казань, Нижний Новгород, Ярославль) и зарубежных симпозиумов  (Греция, США, Чили, Китай, Япония, Германия), стажировалась на учебных анатомических диссекционных курсах  (Австрия, Швейцария, Москва, Санкт-Петербург).
Действительный член Общества пластических реконструктивных и эстетических хирургов (ОПРЭХ) с 2000 года. В 2003 году сертифицирована ОПРЭХ. Действительный член Международного общества эстетических пластических хирургов ISAPS с 2017 года.
С 2005 года является членом Всероссийского общественного объединения комбустиологов «Мир без ожогов».

Аганина Е. Н. — победитель конкурса профессионального мастерства 2008г. в номинации «Лучший врач хирургической специальности». За достигнутые успехи в здравоохранении была награждена благодарностями и почетными грамотами ГБУ РМЭ «Йошкар-Олинская городская больница», Почетной грамотой Министерства здравоохранения Республики Марий Эл в 2009 и 2012г., Почетной грамотой Правительства Республики Марий Эл в 2013г. 14.01.16г. Аганиной Елене Николаевне присвоено звание «Заслуженного врача Республики Марий Эл».