Родилась 29.01.66 года в Рязанской области. С 1984 по 1990 год училась в Рязанском медицинском институте по специальности лечебное дело. Интернатуру по хирургии проходила в г. Рязани на базе больницы скорой медицинской помощи. С 1994 по 1996 год проходила ординатуру по хирургии на кафедре хирургических болезней Казанского государственного медицинского университета. С 1991 года работала хирургом в городской поликлинике №1, с 1992 года по 2013 год работала хирургом в ожоговом отделении Йошкар-Олинской городской больницы.
Врач высшей категории. Имеет специализации и тематические усовершенствования по хирургии, ожоговой травме, по реконструктивной восстановительной хирургии последствий ожогов, травм и косметических дефектов у взрослых и детей, челюстно-лицевой хирургии, а также по эстетической хирургии. Владеет всеми видами пластических операций при ожоговой травме, включая реконструктивно-восстановительную хирургию последствий ожогов. С 1996 года занимается эстетической хирургией, владеет техникой операций практически по всем разделам эстетической хирургии, имеет опыт видеоассистированных (эндоскопических) операций.
Циклы усовершенствования по реконструктивно-восстановительной, челюстно-лицевой и эстетической хирургии проходила в Санкт-Петербурге, Ярославле и Москве. Является ежегодным участником российских (Москва, Санкт-Петербург, Екатеринбург, Казань, Нижний Новгород, Ярославль) и зарубежных симпозиумов (Греция, США, Чили, Китай, Япония). стажировалась на учебных анатомических диссекционных курсах (Австрия, Швейцария).
Действительный член Общества пластических реконструктивных и эстетических хирургов (ОПРЭХ) с 2000 года. В 2003 году сертифицирована ОПРЭХ. Действительный член Международного общества эстетических пластических хирургов ISAPS с 2017года.
С 2005 года является членом Всероссийского общественного объединения комбустиологов «Мир без ожогов».
Аганина Е. Н. — победитель конкурса профессионального мастерства 2008г. в номинации «Лучший врач хирургической специальности». За достигнутые успехи в здравоохранении была награждена благодарностями и почетными грамотами ГБУ РМЭ «Йошкар-Олинская городская больница», Почетной грамотой Министерства здравоохранения Республики Марий Эл в 2009 и 2012г., Почетной грамотой Правительства Республики Марий Эл в 2013г. 14.01.16г. Аганиной Елене Николаевне присвоено звание «Заслуженного врача Республики Марий Эл».
